Após adicionar o destinatário e os produtos na nota, clique em desconto.

O desconto pode ser em reais ou em percentual.

Após adicionar o valor, clique em aplicar.

Caso esteja realizando no layout Saída ou Entrada, o desconto poderá ser aplicado nas seguintes formas:

Ao habilitar o detalhamento do item

Poderá informar desconto, tanto em reais quanto em porcentagem

Outra forma de informar desconto, seria um rateio em cada produto da NF-e. Ao marcar o checkbox dos produtos

O sistema apresentará uma barra superior com algumas opções incluindo a de desconto

Ao realizar essa seleção, poderá escolher o tipo de desconto a ser aplicado em todos os produtos selecionados, em valores ou porcentagem

Clique em aplicar e pronto, o sistema irá abater esse valor dos produtos!