A emissão do CT-e de anulação é realizada quando o transportador precisa cancelar um CT-e e o prazo de cancelamento foi excedido. 

Neste caso, para emitir o CT-e de anulação o TOMADOR do serviço primeiramente deve gerar o Evento de Prestação de Serviço em Desacordo. 

Após a geração do evento, você acessará Menu:

Depois, clique em Transporte:

E na coluna verde, clique na opção CT-e:

Após, clique no botão mais para adicionar novo documento:

No campo Emissão, informe a data de hoje:

Informe a CFOP 1206 ou 2206 (caso o CT-e original possua uma CFOP de saída) ou 5206 ou 6206 (caso o CT-e original possua uma CFOP de entrada). 

Importante: A CFOP iniciará com 1, se o CT-e original a CFOP inicia com 5. A CFOP iniciará com 2, caso no CT-e original a CFOP inicie com 6. Isso pode ocorrer ao contrário também, caso a CFOP do CT-e original iniciar com 1, a CFOP do CT-e de anulação iniciará com 5. Qualquer dúvida em relação a CFOP, consulte o seu contador. 

Os dados como RNTRC e natureza de operação se mantém os mesmos do CT-e original:

Após, no campo finalidade de emissão, você informará CT-e de anulação de valores:

Os campos Tipo de Serviço e CPF/CNPJ autorizados se manterão iguais ao CT-e original:

No campo Chave de acesso do CT-e referenciado informe a chave de acesso do CT-e que você está anulando:

Importante: chave de acesso é um código composto por 44 dígitos numéricos que ficam logo abaixo do código de barras. 

Nos campos Local de Inicio da Prestação e Local de término da prestação, informe os mesmos dados do CT-e original:

Depois de concluir a primeira aba, acesse a aba PARTICIPANTES:

Nesta aba, você informará os mesmos dados do Tomador, Remetente e Destinatário do CT-e original:

Após preencher, acesse a aba SERVIÇOS E IMPOSTOS:

Nesta aba, você incluirá as mesmas informações no Valor Total da Prestação de Serviço e Valor a Receber do CT-e original:

Depois, você incluirá (caso no CT-e original tenha sido incluído) os componentes e o ICMS, senão, pule este passo:

Após, acesse a aba FINALIDADE DE EMISSÃO:

Nesta aba, você informará novamente a chave de acesso do CT-e a ser anulado:

E, informará a data em que o tomador do serviço emitiu o Evento de Prestação de Serviço em Desacordo:

Para finalizar (caso desejar) acesse a aba PAGAMENTO:

Nesta aba, você adicionará informações de pagamento e as observações do CT-e. Caso você não queira, poderá pular esta etapa e emitir o documento. Senão, clique em adicionar e preencha conforme os dados do CT-e original:

Preencha os campos e clique em salvar:

Por último (novamente, caso desejar) informe as observações que você deseja adicionar no rodapé do CT-e. Caso seja alguma informação para o seu cliente, informe no campo Informações para o Contribuinte, se for alguma informação de legislação, informe no campo Informações para o Fisco:

Após, seu documento está concluído e você já pode emitir! =D

Depois de autorizado, é necessário emitir o CT-e de Substituição, clique aqui para ver como emitir.