Para adicionar o frete na nota de saída, ao adicionar o produto, habilite o campo:

O item possui detalhamento de desconto, frete, seguro ou informações adicionais?

Irá abrir as informações adicionais e você pode adicionar o valor do frete.

Após inserir o valor, clique em adicionar.

Ou, caso a sua nota possua mais de um produto, você pode selecionar os itens no primeiro quadrado, no canto esquerdo.

Em seguida, clique em frete, no canto direito superior.

Após adicionar os valores, clique em aplicar.

Pronto, o sistema irá ratear o valor do frete, entre os produtos!